Metode pembelajaran di SMA Seminari St. Petrus Canisius di bagi menjadi 2 bagian. Bagian pertama dikenal dengan yang namanya study 1, itu dilaksanakan pada saat jam sekolah pada umumnya, di SMA Seminari sendiri dimulai jam 06.45 WIB sampai dengan 12.30 WIB, jika ada kelas tambahan pelajaran seperti lintas minat bisa sampai jam 14.00 WIB. Kemudian untuk bagian kedua dikenal dengan yang namanya jam study 2, itu biasa dilakukan dan diksanakan sekitar pukul 20.00 WIB sampai dengan pukul 21.30 WIB, Perpustakaan SMA Seminari Mertoyudan juga menyesuaikan jam kebutuhan anak, maka dari itu kami juga memberikan jam pelayanan pertama dan kedua. Jam pelayanan pertama kami mulai dari jam 06.30 WIB sampai dengan 14.00 sementara jam pelayan kedua mulai dari jam 20.00 WIB sampai dengan 21.30 WIB.

          Perbedaan dari jam pelayanan kami adalah, jika di jam pelayanan pertama Perpustakaan Seminari melayani transaksi peminjaman, pengembalian buku, perpanjangan peminjaman buku, melayani jam literasi anak dan masih banyak lagi, sedangkan di jam pelayanan kedua perpustakaan hanya melayani jam belajar mandiri saja.

          Seperti Tujuan Perpustakaan SMA Seminari yang salah satunya adalah menjadikan perpustakaan sebagi tempat pelayanan yang nyaman dan kondusif serta sebagai pusat atau sumber informasi.