Makna gambar dan warna dalam lambang :
Perisai melambangkan perjuangan.
Warna dasar kuning emas melambangkan kemuliaan.
Warna hijau pada tulisan SSS melambangkan harapan untuk bertumbuh.
Warna merah pada karang melambangkan kegairahan.
Warna hitam pada anjing melambangkan kesungguhan.
Warna putih pada latar belakang karang dan anjing melambangkan kesucian.
Dengan demikian, lambang Seminari Mertoyudan itu mengandung pengertian, dengan kegairahan dan kesungguhan yang didasari oleh niat suci, Seminari berjuang untuk pertumbuhan Seminaris dalam sanctitas (kesucian), sanitas (kesehatan), dan scientia (pengetahuan) menuju cita-cita imamat mulia seturut teladan Santo Petrus Canisius.
Huruf “CS” dalam lambang merupakan singkatan dari “Canisii Seminarium”, yang artinya “Pesemaian Canisius”.
Gambar “batu karang” di bawah tulisan “CS” mau mengungkapkan Petrus sebagai batu karang. Hal ini mengingatkan kita akan sabda Yesus kepada Petrus, “Engkau adalah Petrus dan di atas batu karang ini Aku akan mendirikan jemaat-Ku” (Mat 16: 8).
Gambar “anjing” mau menunjuk nama diri “Canisius” (canis = anjing). Dengan lambang itu, mau diungkapkan bahwa Seminari Menengah Mertoyudan berada di bawah lindungan Santo Petrus Canisius. Petrus Canisius dijadikan pelindung Seminari Mertoyudan karena beliau mempunyai perhatian besar terhadap pendidikan calon-calon imam.
Huruf “SSS” merupakan singkatan dari Sanctitas, Sanitas, dan Scientia. Dengan “SSS”, dimaksudkan bahwa Seminari Menengah Mertoyudan bercita-cita mendidik seminaris agar seminaris berkembang secara seimbang dalam kesucian, kesehatan, dan pengetahuan. Kata “Sanctitas”, “Sanitas”, dan “Scientia” tersebut diharapkan menjadi acuan baik bagi para pembina dalam memberikan pendampingan maupun bagi seminaris dalam mengembangkan diri ke arah panggilan imamat.
Dari uraian di atas, dapat disimpulkan makna lambang Seminari Menengah Mertoyudan. Petrus Canisius dipilih sebagai pelindung Seminari Mertoyudan karena beliau adalah seorang tokoh Gereja yang menaruh perhatian besar terhadap pendidikan calon-calon imam. Berkat teladan dan semangatnya, seminaris -dalam kerjasama dengan para pembina – dan dengan didasari kegairahan, kesungguhan, niat suci, dan keterbukaan pada Roh Kudus – berjuang mengembangkan diri menjadi pribadi yang suci, sehat, dan berpengetahuan menuju cita-cita imamat mulia dalam rangka memenuhi kebutuhan Gereja.