Tentang sosok Petrus Canisius, yang dijadikan nama dan pelindung seminari ini, dapat dibaca tulisan Romo Sardi Inspirasi Hidup Rohani Santo Petrus Canisius.

***

Awal berdirinya Seminari Menengah Mertoyudan tidak dapat dilepaskan dari 2 pemuda lulusan Kweekschool Muntilan yang berkeinginan menjadi imam, yakni Petrus Darmaseputra dan F.X. Satiman.

November 1911 mereka menghadap Romo Van Lith SJ dan Romo Mertens SJ dan mohon agar diperkenankan belajar menyiapkan diri menjadi imam.

Niatan kedua pemuda ini, yang juga dengan mempertimbangkan kebutuhan imam di Indonesia, ternyata mampu mendorong munculnya gagasan untuk menyelenggarakan pendidikan bagi para calon imam. Proses perijinan dari Roma pun diurus, dan 30 Mei 1912 izin resmi dari Roma keluar untuk memulai lembaga pendidikan calon imam di Indonesia. Kursus pendidikan tersebut diselenggarakan di Kolese Xaverius Muntilan.

Antara tahun 1916-1920 sudah ada 10 siswa Muntilan yang dikirim ke sekolah Latin yang diselenggarakan para pastor Ordo Salib Suci di Uden, Belanda. Dua siswa meninggal dan seorang lagi terganggu kesehatannya, kemudian diambil kebijakan untuk menyelenggarakan pendidikan di Indonesia. Kursus di Muntilan pun disempurnakan.

Tanggal 7 September 1922, dua seminaris menjadi novis pertama pada Novisiat Serikat Yesus yang baru dibuka di Yogyakarta dengan rektor dan pimpinan novisiatnya Romo Strater SJ.

Mei 1925 dimulai Seminari Kecil (Klein Seminarie), yang gedungnya dibangun di sebelah barat kolese St. Ignatius Yogyakarta tanggal 19 Desember 1927 dan diberkati Mgr APF van Velsen SJ. Kursus diadakan bagi mereka yang baru tamat Sekolah Dasar Hollands Inlandse School (HIS) dan Europese Lagere School (ELS). Bersamaan dengan itu kursus di Muntilan, bagi mereka yang sudah memiliki ijasah guru tetap, juga tetap berlangsung.

Sekitar tahun 1927 kursus ini digabung dengan Seminari Kecil di Yogyakarta. Karena jumlah siswnya meningkat hingga 100 siswa lebih, seminari dipindah ke Mertoyudan Magelang. Pelajaran pertama dimulai 13 Januari 1941.

8 Maret 1942 tentara Belanda menyerah kepada Jepang. Gedung Seminari Mertoyudan diduduki Jepang dan digunakan untuk sekolah Pertanian Nogako. Tanggal 5 April 1942 para seminaris terpaksa pulang ke rumah masing-masing. Meski demikian pendidikan calon imam tetap dilangsungkan di berbagai pastoran, diantaranya di Boro, Yogyakarta, Ganjuran, Muntilan, Girisonta, Ungaran, Semarang dan Solo. Pelajaran diberikan dengan sembunyi-sembunyi. Selama masa sulit ini, seminari lazim disebut Seminari in diaspora. Situasi ini berlangsung hingga 1945.

Dalam masa Revolusi Fisik, gedung Seminari Mertoyudan sempat dibumihanguskan. Sisa-sisa bangunan menjadi jarahan. Setelah situasi tenang, Seminari dibangun kembali oleh Vikariat Semarang dan berakhir Agustus 1952. Bangunan tersebut sekarang merupakan bagian dari gedung Domus Patrum dan Medan Madya. Setelah pembangunan selesai, selama liburan para seminaris pindah ke Mertoyudan.

Tanggal 3 Desember 1952 gedung Seminari Mertoyudan diberkati Mgr Albertus Soegijapranata SJ. Lima tahun kemudian dibangun gedung tambahan yang dipergunakan untuk seminari, yaitu Medan Utama dan Medan Pratama. Sejak saat itu semakin banyak murid tamatan SD yang diterima di Seminari Mertoyudan. Namun berdasar pertimbangan lain, tamatan SD tidak diterima lagi sejak tahun 1968. Yang diterima hanya tamatan SLTP dan SLTA.

Tahun 1971 siswa seminari lulusan SLTA tinggal di Yogyakarta dan mengikuti kuliah di IKIP Sanata Dharma hingga menyelesaikan pendidikan sarjana muda. Tahun 1972 siswa tamatan SLTA juga ditampung di Seminari Mertoyudan. Karena berbagai alasan, tahun 1974 di Wisma Realino Yogyakarta dibangun cabang Seminari untuk menampung siswa tamatan SLTA.

Di Mertoyudan dilakukan penambahan gedung. Tahun 1976 dilakukan penambahan gedung, yang diresmikan dan mulai dihuni oleh Seminaris Medan Utama. Tahun itu juga Seminari Cabang Yogyakarta digabung lagi dengan Seminari Mertoyudan hingga sekarang.